北京作为京杭大运河的北端城市和漕运终点，京杭大运河北京段涉及昌平、海淀、西城、东城、朝阳、通州6个区。
北京共有两处河道和两处遗产点入选此次直接申报名单。河道分别为通惠河北京旧城段——西城区什刹海(包括前海、后海、西海)和东城区玉河故道(西起万宁桥，东至东不压桥，长约0.5公里)，通惠河通州段(西起永通桥，东至通州通惠河与北运河交叉口，长约5公里)。遗产点分别为西城区澄清上闸(万宁桥)和东城区澄清中闸(东不压桥)。
申遗过程中北京实施了一系列保护和申遗准备工作，昌平区白浮泉遗址、海淀区广源闸、西城区万宁桥、东城区东不压桥遗址、通州区燃灯塔、通运桥等均进行了不同程度的修缮加固。此外，海淀区长河、西城区什刹海、东城区玉河北区、朝阳区通惠河、通州区北运河等均进行了环境整治工作，建成了庆丰公园、大运河森林公园，使大运河遗产本体保护状况和环境风貌得到明显改善。
目前北京已经建立了一个初步的监测平台体系，下一步将尽快完善，在运河沿线确定合适的监测点，对今后从事监测的工作人员进行系统培训。针对大运河活态的、线性的遗产特点，今后将进一步发掘遗产历史文化内涵，开展对通州运河古建筑群修缮等工作，启动东城区玉河南区考古工作及历史景观恢复的研究。特别是将不断改善大运河水质与水环境。
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